羊肚菌属于中低温型菌类。各地一般在春季2~5月雨后发生。也有少数地区有秋羊肚菌，9~11月雨后发生。羊肚菌生长期需要较低的气温，一般还需要较大的温差刺激，促使羊肚菌菌丝分化出菇，从营养生长转向生殖生长。
羊肚菌菌丝生长的最适温度为22~25℃，生长速度很快，可达1~2厘米/天，但是菌丝较细弱。一般将羊肚菌菌种置于18~22℃条件下培养，菌丝粗壮、生长也较快，称为为羊肚菌的协调最适温度。
羊肚菌的原种、栽培种在培养前期，温度一般控制在20~22℃，菌丝体生长速度较快。培养后期，温度控制在18~20℃，菌丝体生长速度相对变慢，但是菌丝体更加粗壮，菌核数量也会更多。
羊肚菌的子实体生长的最适温度在14~18℃，温度稳定超过8℃达到3天，菌丝就很容易分化形成羊肚菌原基。日平均气温在15℃以下，子实体生长速度慢，20~25天才能采收。日均气温在15℃以上，子实体生长速度较快，10~15天可采收。
羊肚菌原基出现后，要防止倒春寒等低温天气造成原基及幼菇死亡。北方暖棚可避免。但北方冷棚、北方露天、南方露天条件下栽培的羊肚菌，需要做好防寒准备，一般可加小拱棚，即可保温，又可防止连续降雨湿度过大。
但是，出菇后期，要注意遮光降温。阳光直射、温度过高，会导致原基无法形成、子实体的顶部生长点灼伤，子实体畸形，影响产量及品相。
